什么是CML化学标记语言 CML XML格式

CML是一种基于xml的化学信息标记语言，通过等专用标签精确描述分子结构、反应及光谱数据，支持语义校验、嵌套扩展与多格式无损转换。

CML（Chemical Markup Language）是一种专为化学信息设计的XML格式，它用标准的XML语法来精确描述分子结构、化学反应、光谱数据等，让计算机能自动识别、交换和处理化学内容。

为什么用XML来表达化学信息

XML本身不规定具体含义，只提供结构化框架。CML在此基础上定义了一套化学专用标签，比如、、，每个标签携带明确语义。这种组合既保持了XML的跨平台、可验证、易扩展特性，又满足了化学数据对精度和可读性的双重需求。

• 所有原子坐标、键级、电荷、立体化学信息都能用属性或子元素表达
• 支持嵌套结构，例如一个reaction>内可包含多个作为反应物或产物
• 可通过XML Schema（XSD）校验文件合法性，避免人为格式错误

CML文件长什么样

一个最简水分子CML片段类似这样：

它比SMILES更直观，比MOL文件更易解析，也比纯文本描述更具机器友好性。

CML和其他化学格式的关系

CML不是替代格式，而是整合枢纽：

• 几乎所有常见格式（MOL、SDF、PDB、XYZ、CIF）都可无损转换为CML
• 支持增量扩展：用户可自定义添加实验条件、计算方法、作者信息等元数据
• 被JChem、Avogadro、Jmol、Open Babel等主流工具原生支持，也常用于化学数据库（如Crystallography Open database）的数据导出

实际使用时要注意什么

CML强调语义正确性，不是“能跑就行”：

• 必须严格闭合标签，属性值加引号，符合XML基础语法
• 推荐用CML Schema（cml.xsd）校验，避免遗漏必需字段（如elementType不能为空）
• 大分子或晶体结构建议分块组织，用包裹多个，提升可读性和加载效率