FIMO输出HTML有阴影偏移量吗_FIMO输出HTML阴影参数详情【解析】

FIMO的html不支持自定义阴影，因其渲染由硬编码的fimo_html.pl脚本完成，box-shadow值（如1px 1px 2px rgba(0,0,0,0.3)）写死在内联css中，命令行无相关参数，只能手动修改HTML或重绘。

FIMO 输出的 HTML 中没有可配置的阴影偏移量参数。它生成的交互式热图（如 motif 打分图）使用的是固定样式内联 CSS，阴影效果是硬编码的，不暴露给用户控制。

为什么 FIMO 的 HTML 不支持自定义阴影

FIMO 本身不负责渲染 HTML —— 它调用的是 MEME Suite 内置的 fimo_html.pl 脚本（perl），该脚本将结果转为静态 HTML + 内联 svg。所有视觉样式（包括 box-shadow）写死在模板中，例如：

box-shadow: 1px 1px 2px rgba(0,0,0,0.3)

这个值无法通过命令行参数、配置文件或输入 BED/GFF 修改。

FIMO 命令行输出里根本没有阴影相关选项

运行 fimo --help 或查阅官方文档，你会发现所有参数都围绕匹配阈值、输出格式（--oc, --text）、数据库（--bgfile）等，没有任何参数名含 shadow / offset / blur / css / style。

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• --html：仅触发 HTML 报告生成，不接受样式参数
• --verbosity：控制日志级别，不影响渲染
• --max-stored-scores：影响内存，和视觉无关

想改阴影？只能手动编辑 HTML 或重写渲染逻辑

如果你已生成 fimo.html，可以打开它搜索 box-shadow，定位到类似这行：

直接修改数值即可，比如改成 2px 4px 6px rgba(0,0,0,0.4) 来增强偏移与模糊。但注意：

• 每次重新运行 fimo --html 都会覆盖，需重复修改
• SVG 内部的矩形（motif 区域）通常无阴影，只有外层容器有
• 浏览器兼容性没问题，但移动端可能因缩放导致阴影裁剪

真正要自动化控制阴影，得绕过 FIMO 自带 HTML，用其 --text 或 --bed 输出，再用 python（plotly / matplotlib）或 R（ggplot2）重绘 —— 这时阴影、偏移、颜色全由你代码决定。