FIMO输出HTML包含图形圆角值吗_FIMO输出HTML圆角数据详情【说明】

FIMO html报告中的圆角值仅为前端css装饰，不可提取且不关联分析数据；应使用TSV/BED输出结合seqlogo或D3.js等工具自定义绘图。

FIMO 输出的 HTML 报告本身不包含图形圆角值（如 border-radius 的具体数值），这些圆角是浏览器渲染 svg 或 CSS 样式时的视觉表现，而非可提取的数据字段。

HTML 中没有圆角值的原始数据

FIMO 的 HTML 输出本质是静态报告页面，其图形（如 motif logo、track 图）由内联 SVG 或 canvas 渲染，圆角效果来自预设的 CSS 类（例如 .logo-box 或 .track），但这些类的 border-radius 值并未暴露为可解析的结构化数据：

• 所有样式都硬编码在


  标签或内联 style="border-radius: 4px;" 中，且通常无语义命名

• 圆角值（如 4px、6px）不与任何 motif ID、位置或得分绑定，无法映射到具体匹配结果
• 不同 FIMO 版本生成的 HTML 中，该值可能变化（例如 v5.5.0 用 4px，v5.6.0 改为 3px），不具备稳定性

想获取圆角对应的实际图形区域？别从 HTML 解析

如果你真正需要的是“某个 motif 匹配区域在图中对应的可视范围（含圆角边界）”，这条路走不通——FIMO 不输出像素级布局信息。可行替代路径包括：

• 直接读取 FIMO 的 TSV 输出（--oc 指定目录下的 fimo.tsv），它含 start、stop、strand、score 等真实坐标和置信度
• 用 seqlogo 或 ggseqlogo 重绘 motif logo，完全控制圆角、尺寸、配色等 SVG 属性
• 若需嵌入网页并自定义圆角，建议把 FIMO 的 TSV 结果喂给 D3.js 或 plotly，自己生成带可控 rx/ry 的 SVG 矩形

FIMO 的 HTML 圆角只是 ui 装饰，不影响分析逻辑

所有圆角纯属前端美化，和 motif 打分、p 值、FDR、序列覆盖等核心分析结果零关联：

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• 圆角不会改变 start/stop 坐标精度，也不影响 BED 文件导出内容
• 用 fimo --html 和 fimo --text 处理同一输入，得到的匹配列表完全一致
• 如果发现 HTML 里某处“看起来圆角更大”，大概率是浏览器缩放、字体渲染差异或相邻元素 box-shadow 叠加造成的错觉

真正要复现或自动化处理图形样式，得绕过 HTML，盯住 TSV/BED 输出 + 自定义绘图工具链。FIMO 的 HTML 就是个快览界面，不是数据源。