使用NumPy高效选择Pandas DataFrame指定坐标的单元格

使用NumPy高效选择Pandas DataFrame指定坐标的单元格

本文详细介绍了如何利用numpy的强大索引能力,高效地从pandas DataFrame中根据一组行/列坐标选择特定单元格,并支持“反向选择”模式。通过将坐标列表转换为适合NumPy数组索引的转置元组,我们能够以矢量化方式创建新的DataFrame,填充指定单元格或将其余单元格留空,从而避免了低效的循环操作,显著提升了数据处理性能。

引言

数据分析和处理中,我们经常需要从大型数据结构中精确地提取或修改特定数据点。对于Pandas DataFrame而言,虽然有多种选择数据的方法(如loc、iloc、at、iat),但当需要根据一组非连续的(行索引, 列索引)坐标来批量选择单元格时,直接迭代往往效率低下。本文将介绍一种利用NumPy数组的矢量化索引功能,高效地实现DataFrame指定单元格选择,并支持反向选择的策略。

问题描述与传统方法的局限

假设我们有一个Pandas DataFrame和一个包含(行, 列)元组的坐标列表。我们的目标是根据这些坐标来选择DataFrame中的特定单元格,并能够灵活地实现两种模式:

  1. 正向选择 (inverted=False):只保留指定坐标处的单元格内容,其余单元格留空(例如,设置为 ”)。
  2. 反向选择 (inverted=True):保留所有非指定坐标处的单元格内容,而将指定坐标处的单元格留空。

传统上,对于单个或少量单元格的操作,我们可以使用df.iat[row, col]或df.at[row_label, col_label]。但当坐标列表较长时,循环遍历并逐个操作这些单元格会非常慢,尤其是在需要创建新DataFrame而不是原地修改时。

解决方案:利用NumPy的矢量化索引

NumPy数组提供了强大的高级索引功能,允许我们使用整数数组作为索引来同时选择多个非连续的元素。这是实现高效批量选择的关键。

核心思路

  1. DataFrame到NumPy数组的转换:将Pandas DataFrame转换为NumPy数组,以便利用NumPy的矢量化操作。
  2. 坐标列表的转换:将[(row1, col1), (row2, col2), …]形式的坐标列表转换为NumPy高级索引所需的(Array([row1, row2, …]), array([col1, col2, …]))形式。
  3. 矢量化选择与赋值:根据inverted标志,创建目标数组并使用转换后的坐标进行高效的赋值操作。
  4. NumPy数组到DataFrame的转换:将处理后的NumPy数组转换回Pandas DataFrame。

步骤详解与示例代码

首先,定义我们的输入数据:

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import pandas as pd import numpy as np  df = pd.DataFrame({     'col1': ['A', 'B', 'C', 'A', 'G'],     'col2': ['B', 'E', 'F', 'F', 'H'],     'col3': ['C', 'D', 'E', 'A', 'I'] })  coords = [(2, 0), (3, 2)]  print("原始DataFrame:") print(df)

输出:

原始DataFrame:   col1 col2 col3 0    A    B    C 1    B    E    D 2    C    F    E 3    A    F    A 4    G    H    I

接下来,我们构建实现选择逻辑的函数:

def select_cells_by_coords(dataframe: pd.DataFrame, coordinates: list, inverted: bool = False) -> pd.DataFrame:     """     根据给定的坐标列表选择或反向选择DataFrame中的单元格。      参数:         dataframe (pd.DataFrame): 输入的Pandas DataFrame。         coordinates (list): 包含 (行索引, 列索引) 元组的列表。         inverted (bool): 如果为True,则保留非指定坐标的单元格,将指定坐标的单元格留空。                          如果为False,则只保留指定坐标的单元格,其余留空。      返回:         pd.DataFrame: 经过选择操作后的新DataFrame。     """     # 1. 将DataFrame转换为NumPy数组     data_array = dataframe.to_numpy()      # 2. 转换坐标列表为NumPy高级索引格式     # np.array(coordinates) 得到 [[r1, c1], [r2, c2], ...]     # .T 进行转置得到 [[r1, r2, ...], [c1, c2, ...]]     # tuple(...) 将其转换为 (array([r1, r2, ...]), array([c1, c2, ...]))     # 这是NumPy高级索引所期望的格式     np_coords = tuple(np.array(coordinates).T)      # 3. 根据 'inverted' 标志执行选择逻辑     if inverted:         # 反向选择:复制原始数据,然后将指定坐标处的单元格设置为空字符串         output_array = data_array.copy()         output_array[np_coords] = ''     else:         # 正向选择:创建一个与原始DataFrame形状相同的空字符串数组         # 然后将原始数据中指定坐标的单元格内容复制过来         output_array = np.full(data_array.shape, '', dtype=Object) # 使用object dtype以容纳混合类型         output_array[np_coords] = data_array[np_coords]      # 4. 将处理后的NumPy数组转换回Pandas DataFrame     return pd.DataFrame(output_array, columns=dataframe.columns)  # 测试函数 print("n--- 正向选择 (inverted=False) ---") result_normal = select_cells_by_coords(df, coords, inverted=False) print(result_normal)  print("n--- 反向选择 (inverted=True) ---") result_inverted = select_cells_by_coords(df, coords, inverted=True) print(result_inverted)

预期输出:

--- 正向选择 (inverted=False) ---   col1 col2 col3 0 1 2    C 3              A 4  --- 反向选择 (inverted=True) ---   col1 col2 col3 0    A    B    C 1    B    E    D 2         F    E 3    A    F 4    G    H    I

代码解析

  1. dataframe.to_numpy(): 这是性能优化的第一步。Pandas DataFrame的索引和标签查找开销较大,而NumPy数组的直接内存访问和索引操作效率更高。
  2. tuple(np.array(coordinates).T): 这是理解本方案的关键。
    • np.array(coordinates)将[(2, 0), (3, 2)]转换为二维NumPy数组 [[2, 0], [3, 2]]。
    • .T(转置)操作将其变为 [[2, 3], [0, 2]]。
    • tuple(…) 将其转换为 (array([2, 3]), array([0, 2]))。
    • 这种(行索引数组, 列索引数组)的元组形式正是NumPy高级索引所需要的,它会选择所有由(行索引数组[i], 列索引数组[i])定义的单元格。
  3. if inverted: 逻辑:
    • 当 inverted=True 时,我们首先复制原始数据 (data_array.copy()),然后直接使用 output_array[np_coords] = ” 将指定坐标处的单元格内容替换为空字符串。
    • 当 inverted=False 时,我们首先创建一个与原始数据形状相同的全空字符串数组 (np.full(data_array.shape, ”, dtype=object))。dtype=object 是为了确保能够容纳字符串,避免NumPy在混合类型时尝试统一为数值类型导致的问题。然后,我们从原始数据中提取指定坐标的单元格内容 (data_array[np_coords]),并将其赋值给 output_array 相同坐标的位置。
  4. pd.DataFrame(output_array, columns=dataframe.columns): 最后一步是将处理后的NumPy数组重新封装回Pandas DataFrame,并保留原始的列名。

注意事项与总结

  • 性能优势:相较于使用df.iat在循环中逐个修改单元格,NumPy的矢量化操作能够显著提高处理大量坐标时的性能。
  • 数据类型兼容性:在将单元格设置为空字符串”时,如果原始DataFrame包含数值类型数据,NumPy数组的dtype可能会变为object以容纳混合类型。这通常不会影响后续操作,但需要注意数据类型的变化。如果需要保留数值类型并在空白处使用np.nan,则需要相应调整填充值。
  • 灵活性:这种方法不仅限于设置为空字符串,你可以根据需求将指定单元格设置为任何其他值,或者执行更复杂的计算。
  • 内存使用:此方法会创建原始DataFrame的NumPy数组副本以及一个结果数组。对于非常大的DataFrame,需要考虑内存消耗。

通过以上方法,我们能够以一种既高效又灵活的方式,根据坐标列表对Pandas DataFrame的单元格进行精确选择和操作,无论是正向筛选还是反向剔除,都能轻松应对。这充分展示了NumPy与Pandas结合在数据处理中的强大威力。

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