FIMO输出HTML会保留锁定状态吗_FIMO输出HTML锁定信息说明【说明】

FIMO的html输出不包含locked状态，该状态仅存在于TSV/csv原始输出中；HTML模板硬编码仅渲染sequence_name、start、end、strand、score、p-value、q-value、matched_sequence字段，不解析FASTA header中的locked标签，也无法通过参数注入。

FIMO输出HTML时locked状态不会被保留

FIMO本身不将序列位点的锁定（locked）状态写入HTML输出。HTML报告仅展示扫描结果（如匹配位置、得分、p值），所有locked标记仅存在于FIMO原始输出的TSV/CSV中，且仅当使用--max-stored-scores或--thresh等筛选参数配合--output-dir时，才可能在TSV头行看到locked列——但该列内容不会映射到HTML。

FIMO HTML里看不到locked列的原因

HTML输出由FIMO内部固定模板生成，硬编码只渲染以下字段：sequence_name、start、end、strand、score、p-value、q-value、matched_sequence。即使输入FASTA中某序列被fasta-get-marked标记为locked，或通过--scan-fasta传入带locked元信息的FASTA（如>seq1 locked=1），FIMO也不会解析或透传该属性到HTML。

• locked是MEME Suite中fasta-get-marked或自定义预处理引入的语义标签，FIMO本身无locked概念
• HTML生成阶段不读取FASTA header中的任意键值对
• 若需在HTML中标注锁定区域，必须后处理：用脚本解析TSV中的locked列，再注入HTML表格对应行的class="locked"或添加注释列

验证locked是否出现在FIMO输出中的方法

运行FIMO时显式启用locked列输出（需MEME Suite ≥ 5.5.4），再比对TSV与HTML：

fimo --oc fimo_out --max-stored-scores 1000 --thresh 1e-4 motif.meme input.fa

检查fimo_out/fimo.tsv是否含locked列（有则说明输入FASTA header含locked=1且被识别）；再打开fimo_out/fimo.html，用浏览器搜索locked——结果为空即证实HTML未包含该字段。

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• TSV中locked列为整数（0/1），仅当FASTA header含locked=N且N可转为整数时才出现
• HTML中所有字段名均小写且无下划线（如q-value而非q_value），但locked根本不在字段白名单内
• 试图用--html以外参数强制注入会导致FIMO报错：unrecognized argument: --include-locked

如果必须让HTML体现锁定状态，只能靠外部工具补全

没有捷径。FIMO不提供钩子或插件机制。可行路径只有：

• 用awk或python读取fimo.tsv，提取sequence_name+start+end+locked，生成css规则或HTML片段
• 用sed在fimo.html的
  内每行
  后插入

  （需严格按TSV顺序对齐）

  改用meme-chip流程：它调用FIMO后会汇总所有输出，但依然不渲染locked，仍需自己写postprocess_html.py

  最易出错的是行序错位——FIMO TSV默认按score降序，而HTML表格默认按sequence_name+start升序，二者排序逻辑不同，直接按行号注入必然错乱。

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